花椒的修剪，一般可分為冬季修剪和夏季修剪兩種。從花椒樹落葉后到翌年發芽前這一段時間內進行的修剪叫冬季修剪,也叫休眠期修剪。在花椒樹生長季節進行的修剪叫夏季修剪。實踐證明，在一、二月間進行修剪為最好。幼樹可在埋土防寒前修剪。冬季修剪大都有刺激局部生長的作用。生長季節修剪多是控制新梢旺長，去掉過密枝、重疊枝、競爭枝，改善通風透光條件，提高光合作用，使養分便于積累，促使來年形成更多的結椒枝。所以說，冬季修剪能促進生長，夏季修剪能促進結椒。

修剪的目的和時期不同，采用的方法也有所不同。在冬季休眠期進行修剪，通常多采用短截、疏剪、縮剪、甩放等方法。夏季修剪多采用抹芽、除萌、疏枝、摘心等。在修剪時注意剪“七枝”。即：徒長枝、干枯枝、病蟲枝、過密枝、交叉枝、重疊枝及纖細枝。

2、 幼樹的整形修剪

幼樹整形修剪的目的是依據花椒樹的生長特性和立地條件，通過人工誘導使花椒幼樹形成合理的樹形結構。樹干形狀多采用自然開心形和叢狀形。叢狀形就是栽后截干，使根頸部抽生較多枝條成叢，或一穴栽植2～3株。全部成活后自然生長成叢狀。這種樹形的樹冠形成快，早豐產，但長成大樹后，因主干多，枝條擁擠，光照差，產量下降。根據生產實踐花椒樹形以自然開心形為好，產量高，果色好，香味濃，果粒大小及成熟期齊。